Pupuk hayati (mikroba) tidak menyediakan hara bagi tanaman. Jadi tidak memiliki kandungan N, P, atau K. Di alam mikroba-mikroba ini memiliki peranan yang sangat penting bagi tanaman. Hampir seluruh proses penyerapan hara oleh tanaman dibantu oleh mikroba. Ibaratnya mikroba ‘menyuapi’ tanaman. Ada mikroba yang berperan dalam menambat N dari udara, contohnya Azosprillium sp, Azotobacter sp, Rhizobium sp (pada kacang-kacangan), dll. Udara mengandung kurang lebih 74% N, tetapi tanaman tidak bisa menyerap (“memakan”) hara N ini. N udara harus ditambat oleh mikroba, baru bisa ‘dimakan’ oleh tanaman. Ada juga mikroba yang berperan dalam pelarutan hara P, contohnya Aspergillus sp dan Penicillium sp. P di dalam tanah berada dalam ikatan dengan mineral dan liat tanah. P ini sulit untuk diserap oleh akar tanaman. Agar mudah diserap oleh tanaman P ini harus dilarutkan oleh mikroba menjadi ion fosfat. Kalau dilihat di bawah mikroskop akar tanaman akan dipenuhi oleh mikroba. Masih ada mikroba-mikroba lain yang memberi perlindungan untuk tanaman, ada juga yang memberi ‘vitamin’ untuk tanaman.
Kalau makanan tanaman adalah unsur hara, maka makanan untuk mikroba adalah bahan organik. Sebagian bahan organik ini diberikan oleh tanaman, tetapi sebagian besar adalah bahan organik yang di dalam tanah. Kalau di dalam tanah bahan organiknya rendah, kehidupan mikroba tanah juga akan ‘merana’. Di tanah-tanah yang kandungan bahan organiknya tinggi, maka aktivitas mikroba tanahnya juga tinggi. Demikian pula di tanah-tanah yang kandungan bahan organiknya rendah, aktivitasnya juga akan sangat rendah. Hanya mikroba-mikroba yang ‘ulet’ saja yang masih bisa hidup.
Memperkaya pupuk organik (kompos) dengan mikroba sebenarnya adalah menggabungkan antara pupuk organik dengan pupuk hayati. Pupuk organik diberikan untuk tanaman, menyediakan hara dan ‘vitamin’ bagi tanaman, sekaligus menyediakan ‘makanan’ untuk mikroba. Mikroba-mikroba yang ada di dalam pupuk hayati akan lebih hidup ’sejahtera’ karena banyak makanan untuknya. Mikroba akan bekerja lebih giat dan berkembang biak lebih cepat. Pupuk organik dan pupuk hayati dapat bekerja sinergis untuk menyuburkan tanaman.